Fakultas Ekonomi adalah fakultas periode awal yang terdaftar pada tanggal 27 Juli 1986 bersama 4 fakultas lainnya yakni Fakultas Ilmu Administrasi, Fakultas Hukum, Fakultas Pertanian dan Fakultas Keguruan sesuai Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 0618/0/1989. Proses belajar mengajar bahkan dilakukan dengan sangat sederhana di gedung SKB (Sanggar Kegiatan Belajar), yakni gedung pemerintah milik Pemkab Sumenep yang biasanya dipergunakan untuk menggelar pelatihan dan peningkatan kompetensi aparatur. Bila direnungkan, situasi saat itu memang demikian kontras dengan kondisi saat ini, dimana kini sudah memiliki gedung yang representative dengan fasilitas yang sudah memadai. Pada tahun 2015, Fakultas Ekonomi merubah nama menjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis sesuai SK Rektor Nomor : 75/Sk/R/AKM-19/UNIJA/XII/2015